2020年，科技日益进步，人类生活安居乐业，在平静的外表下，有一部分人因为环境的改变，开始慢慢的进化，拥有了超能力。
就此，X组织也随即诞生成立，创始人时光老头，开始秘密收纳超能力拥有者，一是为了管理他们不运用超能力为非作歹，二是训练他们各自的超能力，保护人类安全和平。
X组织内，人类基因链科学家通过对几位超能力拥有者的基因提取和无数次实验，终于发现了他们身上共同的基因链性质，创造出了超能基因链药剂，而一旦把超能基因链药剂打入身体之内，就可以改变自身基因，拥有更强的超能力，而这条超能基因链也就成为了日后一系列事情的导火索。
拥有隐身超能力的尚键，作为上市集团老总的儿子，完完全全一个富二代，本来生活无忧无虑，只要听从家里的安排，毕业之后就可以到公司当一个总经理，但是偏偏自己不爱有束缚的生活，表面上听从安排读大学，但是私底下却已经加入了X组织，每天偷偷去总部训练自己的超能力，希望有朝一日也可以成为超级英雄那样。
当然X组织里还有拥有读心术和压制超能力的卢莎莎、拥有时间静止超能力的张咪，意念控制超能力的刘鹿、上古神力超能力，每天吃不饱的傻大个崖屿，和拥有伤害转化超能力，平日里在X组织负责这帮人生活琐事以及打杂的安理事。
就当他们一如既往的训练自己的超能力，以及在正常生活中低调的过日子的时候，X组织超能基因链的突然丢失，让一切都陷入了紧张之中。
原来，宁海作为尚键家的管家加司机，平日里唯唯诺诺，一直处在被所有人欺负的生活里，受尽了侮辱和凄厉的他一心想求人人平等，但却无奈改变现实。无意中一天，他发现了尚键的超能力，通过跟踪，发现了X组织的秘密，就此，一时欲望占据了理性，宁海决定偷取超能基因链药剂，然后通过自己再把超能力散播出去，让所有人都拥有超能力，实现人人平等。
于是，宁海抓住其中崖屿的弱点，以可以让他顿顿吃饱为诱饵，把单纯傻兮兮的崖屿骗到了自己手下，偷出来超能基因链药剂，通过超能基因链药剂的改造，宁海拥有了吞噬其他超能力的能力，于是，宁海便开始四处召集野生超能者，扩大自己的实力，决定把X组织的超能力者的超能都吞噬，以强大自身。
X组织超能基因链药剂失窃，时光老头急忙召集众超能者，说出了其中厉害关系，几位超能者临危受命，发现崖屿已经叛变，无奈之下，众人开始拉拢拥有瞬移超能力的双刀战士，战斗力最强的但却一直隐与世的曲桒。
刚开始的曲桒并不愿意参与到这件事情当中，几人无奈前去对抗宁海，却发现宁海身边又多了几位超能者，分别是拥有和曲桒一样超能力的银影和格斗超能力的红淼，以及众多的手下，打斗不及，所幸有惊无险，联盟成员安全逃走，但却也都不同程度的受了伤。
就在众人无奈之时，曲桒主动的找到了他们，因为他得知世上还有和自己超能力一样的人存在，要一决高下，众人开心至极，而X 组织在得知了他们惨败之后，开始制作作战计划，准备最后的战斗。
日子每拖一天，宁海就越不好对付，就此，X组织联盟小队又一次的前去和宁海等人大战。
经过惨烈的战斗，依旧落败，其中几人的超能力都被宁海吞噬，变成了自己的超能力，此时的宁海已经变得及其强大，为了对付宁海，时光老头终于用出了自己的超能力时光逆转，但是要付出的代价便是没用一次就要拔自己一把头发，这对于惜发如命的他来说，无比痛心。
在一次次的时光逆转中，尚键一次次的失败，最终，在一次次的失败之后，尚键终于掌握了宁海的所有攻击方式，最终，尚键终于打败了宁海，把宁海也成功的控制起来，而阴影和红淼也加入了X组织，傻大个崖屿也认识到了自己的错误，面壁思过痛改前非。
世界又变成了和谐的样子，仿佛一切都没有发生，但是，谁都不知道，宁海只用了一半的超能基因链药剂，而剩下的药剂却被一个神秘人拿走了，更多的人类拥有了超能力，接下来会发生什么呢？敬请期待《超能者之觉醒2》。